La Historia de Zapallo se remonta al año de 1895 cuando en 24 de Julio, Chone es declarado cómo cantón de la Provincia de Manabí de la República de Ecuador, incluyendo en su territorio el sitio Pescadillo, lo que actualmente es el cantón Flavio Alfaro, que en ese tiempo era un importante productor de caucho, palma real y tagua, en 1945 el sitio pescadillo pasaría a llamarse parroquia Flavio Alfaro en honor al hermano del Gral. Eloy Alfaro lográndose construir la vía que une a Flavio Alfaro con el Carmen. En el año de 1988 Flavio Alfaro pasaría a ser cantón y a un pequeño recinto el cual se denominaba García Moreno es elevado a Parroquia Zapallo el 1 de diciembre de 1992. En el 2000 se crea la primera junta parroquial que luego pasaría a llamarse Gobierno Autónomo Descentralizado de Zapallo comenzando así su vida como parroquia perteneciente al cantón Flavio Alfaro, en 2011 se inaugura un Infocentro para el desarrollo y ordenamiento de la juventud de la parroquia. En el año 2012, se inaugura el coliseo de eventos Zapallo y la UPC.